Театр кукол в Томске был образован в 1946 году приказом отдела искусств при Томском облисполкоме. Главным режиссером была назначена Софья Львовна Сапожникова, талантливая, очень энергичная и полная идей. Она же поставила первый спектакль — сказку-игру «Гусенок». Софья Львовна отнеслась к новому делу очень серьезно, став духовным лидером нового театра.

Не было специалистов, здания, места для репетиций, цехов. С. Л. Сапожникова поехала за помощью в Новосибирск

В первый состав вошли актер-кукловод Ериков, актеры Фефелова, Санаева, Неборак, Канунникова, приглашенная из Новосибирского театра кукол, В. П. Гаревская дала необходимые для актеров кукловодов знания. Художественным руководителем театра стала С.Высоцкая. Известно, что в 1948 году театр находился по адресу: пер. Подгорный, 15, ныне пер. Беленца. Стационарной сцены театр не имел, по воскресениям выступал в помещениях различных культурно-просветительских учреждений города, дни выезжал в школы, детские дома, районы области. В это время в его репертуаре спектакли -«Каштанка», «Отважная Маринка» и другие. До 1954 г. театр был передвижным, решением Облисполкома от 27 апреля 1954 г. театр был переведен на стационар.

Из года в год увеличивается количество поставленных спектаклей, улучшается обслуживание зрителей. Вот некоторые цифры: в 1947 году дано 210 спектаклей, которые посмотрело 44 тысячи зрителей. В 1971 г. — 605 спектаклей, количество зрителей уже 123,5 тысячи. С каждым годом популярность театра растет, он становится активным помощником школы в воспитании детей, повышается интерес взрослых зрителей к искусству кукольного театра.

В 50-е годы на афише театра появились спектакли, которые становятся заметными событиями в театральной жизни города: «Иван — крестьянский сын», «Камень счастья», «По щучьему велению», «Любовь к трем апельсинам».

В 40-50-е годы в театре служили: Сергей Александрович Федорович — актер и художественный руководитель, композитор Сергей Александрович Королев, актеры: Вера Хлебникова, Надежда Невская, Клавдия Фефелова, Вера Аристова, Зоя Елецкая, Реф Загвоздин, Василий Матусевич, Аркадий Гиршман, Тамара и Николай Шашковы, Тамара Александровна Шрейбер, ставшая затем главным режиссером. Многие из них надолго связали свою жизнь с Томским театром кукол, их имена мы встречаем и на афишах 60-70-х годов.

В разное время директорами театра были Андрей Дмитриевич Иванов, Юрий Иванович Васицкий, Владимир Николаевич Тихомиров, Галина Сергеевна Пугач, Виктор Соломонович Цейтлин, Виктор Прокофьевич Петров, Георгий Александрович Ельцов, Надежда Васильевна Шумилина, Евгений Бунаков. Главными режиссерами были: Сергей Александрович Федорович, Тамара Александровна Шрейбер, Александр Михайлович Королев, Галина Кириловна Искендерова.

Большой и не легкий путь прошел театр. Были — и радости, и неудачи. Неизменным оставалось одно — стремление воспитать юных зрителей добрыми, честными, смелыми. Множество спектаклей поставлено и сыграно за это время, все не возможно перечислить. Вот некоторые из них: «Колокола — лебеди», «РВС», «Два мастера»., поставленные М.Королевым. В 1957 году зрители увидели «Маленького парижанина» и «Волшебную лампу Аладдина» в постановке С. А. Федоровича.

Заметными событиями в театральной жизни 60-х годов стали спектакли: «Итте — железный богатырь», «Песня о красном флаге», «Похищение луковиц».

В 1968 году театр участвовал в фестивале театров кукол РСФСР в Москве. Спектакли «Гаврош», «Козлята и Серый Волк», «Серебряная табакерка» тепло приняли критики и зрители. Были отмечены режиссерские находки Тамары Шрейбер, красочное художественное оформление Александра Бикмухаметова, актерское мастерство Аркадия Гиршмана, Николая Шумилина, Виктории и Анатолия Прасоловых.
В 1969 году Томские кукольники побывали в Польской Народной Республике на Всепольском фестивале театров кукол. Они познакомились со спектаклями своих коллег, рассказали о постановке в нашем театре пьесы Польского драматурга Яна Вильковского «Медвежонок Рим-тим-ти».

В 70-е начало 80-х годов в Томском театре кукол для детей были поставлены такие спектакли как: «Мэри Попинс», «Манук — отважное сердце», «Три медведя», «Люблю ромашки», «Ай да Мыцык!», «Голубой щенок», «Кошкин дом». В 1979 году режиссер Юрий Набоков впервые в Томске поставил в театре кукол спектакль для взрослых «До третьих петухов» по В. Шукшину.
Долгое время театр находился в здании «старой драмы» (нынешний ТЮЗ), затем был «бездомный» период, когда театр, не имея своего угла, кочевал по домам культуры. Позднее он переехал в помещение по пер. Кооперативный, 4.

Театр, с традиционно детским репертуаром, где серьезная, взрослая драматургия появлялась лишь эпизодически, в 1982 г. пережил свое второе рождение. Эта новая страница в истории театра началась с приезда в Томск Свердловского режиссера Романа Виндермана и художника Любови Петровой, которые поставили спектакль «Пиросмани» по пьесе Вадима Коростылева. С этого спектакля появился в Томске не просто зрелищно-развлекательный театр, но философски-глубокий, которого давно ждал Томский зритель. После премьеры «Пиросмани» Р. М. Виндермана пригласили в Томский театр кукол главным режиссером, а Любовь Петрову — главным художником. С их появлением возродилась труппа театра. К Татьяне Ермолаевой (с 2000 г. засл.атр. РФ) присоединились Марина Дюсьметова (засл.арт. РФ), Владимир Васягин (Пеньков), Ольга Бразгина, Александр и Светлана Капрановы (Капранов А.В. с 1994 — засл.атр. РФ), Юрий Петров, Маруф Газибаев, Андрей Козлов, Дания Турклиева, Сергей Тимофеев, Валерия Карчевская, Надежда Страшко, Джамиля Рычкова, Владимир Козлов, Максим Мясоедов, Дмитрий Никифоров (с 2007 г. засл.арт. РФ), Юрий Рапопорт, Виктор и Ольга Линдегрины.

Уже в первый сезон было поставлено три серьезных, интересных работы: «Марсианские хроники» Р.Бредбери, «Мирандолина» К.Гольдони, «Самый правдивый» Г. Горина. Театр обрел новую жизнь. Одна за другой следовали премьеры: «Жаворонок» Ж.Ануя, «Было или не было» П.Грушко по роману М.Булгакова «Мастер и Маргарита», «Был я очень небольшим» А.Кленова, «Руслан и Людмила» А. С. Пушкина, «Три мушкетера» М.Рехельса по роману А.Дюма, «Звезда и смерть Хоакина Мурьеты» П.Грушко по кантате П.Неруды, «Макбет» В.Шекспира. Популярность театра куклы и актера не просто выросла, посещение его стало считается принадлежностью к интеллектуальной элите Томска.
С 1983 по 2001 г. Роман Виндерман являлся бессменным режиссером театра, получившим в 1987 г. название «Скоморох». За 18 лет творческой деятельности Р. М. Виндерман создал театр нового типа, обогатив возможности сценического искусства, театр со своей эстетикой. Творчество Виндермана прославило Томскую культуру далеко за пределами области и страны.

Репертуар театра основывался на произведениях мировой классики: «Лысая певица» Э.Ионеско, «Раскольников» по роману Ф. М. Достоевского, «Кароль. Стриптиз» С.Мрожека, «Сон в летнюю ночь» В.Шекспира, «Котлован» А.Платонова, «Сказка о царе Салтане» А. С. Пушкина, «Огниво», «Русалочка» Г. Х. Андерсена и т. д.

После того, как пожарная инспекция закрыла помещение театра, «Скоморох» восемь с половиной лет был без крыши над головой. Но, не смотря на трудный период, театр не прекращал своей деятельности, он гастролировал и принимал участие в международных фестивалях: в Польше, Югославии, Германии, Словении, Франции, США, Японии, Испании. Для театральной общественности зарубежных стран Томский театр стал открытием.

«Скоморох» осуществил несколько международных проектов — совместных постановок с зарубежными театрами. В 1990 г. в Томске был сыгран спектакль «Восстание зверя» совместно с известным американским театром «Бред энд Паппет». В 1992–93 гг совместно с театром «Опен Хэнд» Сиракъюз, США были поставлены «Юнона и Авось» А.Рыбникова и А.Вознесенского и «Сон в летнюю ночь» В.Шекспира. С немецким театром «Ам Фаден» из Штуттгарта был поставлен спектакль «Раскольников».

В 1996 г. по инициативе Р. М. Виндермана в Томске прошел 1 Международный фестиваль театров кукол «Безграничный театр».
В 1999 году театр обретает свой дом. Областной Администрацией Томской области ему было передано здание дома науки им. П. И. Макушина.

В этом же году директором театра становится Л. Ю. Отмахова, которая возглавляет театр и по сей день.
В 2000 году, впервые в истории Томских театров, спектакль Р. Виндермана «Ну и здоровенная она и тебя» (по роману Ф. Рабле) был выдвинут на соискание Национальной театральной премии «Золотая маска» в Москве сразу в 3-х номинациях: «Лучший спектакль», «Лучшая режиссерская работа», «Лучшая работа художника».

Совместно с Институтом Гете в 2001 году был проведен Международный мастер — класс немецкого режиссера Тома Кюннеля.

В 2001 г. театр потерял своего Мастера, ушел из жизни главный режиссер, заслуженный деятель искусств России Роман Виндерман, чье имя стало легендой театрального мира. II Международный фестиваль театров кукол «Безграничный театр», прошедший в январе 2002 г., был посвящен памяти этого выдающегося режиссера и удивительного человека. Художественным руководителем «Скомороха» стала заслуженный работник культуры Л. О. Петрова.

После ухода из жизни Р. Виндермана, его дело продолжили известные Российские режиссеры Ю. Фридман и В. Вольховский, народный артист России, Лауреат Государственных премий, который руководил театром в 2002—2003 гг. Им поставлены спектакли: «Дон Кихот» (по роману М. де Сервантесса и мюзиклу Д. Вассермана «Человек из Ламанчи») (на Ш Межрегиональном фестивале «Сибирский транзит» получен диплом «Приз симпатий») и «Левша» Е. Замятина (на I Международном фестивале театров кукол «Соломенный жаворонок», посвященном памяти В. Вольховского, получен диплом «За сохранение художественной целостности спектаклей Мастера»).

С 2003 по 2008 г. главный режиссер «Скомороха» — С. И. Ягодкин. Он продолжил традицию— обращение к серьезной, классической литературе. Совместно с художником-постановщиком, засл. раб. культуры Л. О. Петровой им были поставлены: «Маленькие трагедии» (на III региональном фестивале театров кукол Сибири получен диплом «За роль Сальери в спектакле «Маленькие трагедии»), «Слуга двух господ» (К. Гольдони), «Ночь перед Рождеством» (Т.Книжек, рождественский балаган по мотивам повести Н. В. Гоголя), «Визит старой дамы» (Ф.Дюрренматта), «Осколки неба или воспоминания о „The Beatles“» (Ю.Буркина и К.Фадеева).

«Скоморох» продолжил активную фестивальную и гастрольную деятельность.

- В 2003 г. театр принимает участие в фестивалях: Международный фестиваль интеллектуальных театров «КУКАРТ» (г. Санкт — Петербург), в III фестиваль «Сибирский транзит» (г. Омске), в г. Штутгарде (Германия), фестиваль «Все куклы к нам» (г. Красноярск)
- В 2004 г. «Скоморох» выезжает на: фестиваль «Сказка» (г. Барнаул), 1V-ый фестиваль «Сибирский транзит» (г. Томск), фестиваль «Русская культура в Германии» (г. Штутгарт).

В дни празднования 400-летия города Томска театр являлся организатором праздничной площадки «Белозерская». Для театральных программ были привлечены профессиональные театры из гг. Омска, Кемерово, Красноярска, Новосибирска, Иркутска, Северска.
В 2005 г. театр пригласили на III Международный эколого-этнический фестиваль театров кукол «Чир-Чайаан» (г. Абакан).

В 2006 г. спектакли «Скомороха» показывались не III Региональном фестивале театров кукол Сибири (г. Омск), Международном фестивале русского искусства: «15 лет творческого сотрудничества с театром «Am Faden» (г. Штутгарт), I Международном фестивале театров кукол «Соломенный жаворонок», посвященном памяти В. Вольховского (г. Челябинск), III региональном фестивале театров кукол Сибири (г. Омск), «Золотая Маска» в IV благотворительном детском фестивале «Нежность» (г. Челябинск).

В 2007 г. осуществился совместный проект «Скомороха» с Управлением ГИБДД УВД по Томской области и городским общественным движением «Деловой союз» — «Светофор и его друзья». Спектакль вошел в репертуар театра и стал участником I-ого Межрегионального фестиваля социальных проектов для детей и подростков «Сибирский кот» (г. Кемерово) в 2008 г.

В 2007 г. актеры театра участвовали во II Международном фестивале театров кукол «Соломенный жаворонок» (г. Челябинск), в Томском областном театральном фестивале «Маска», Международном фестивале «Путь кочевника» (г. Улан — Удэ), Международном фестивале театров кукол «Чодари хаёл» (г. Душанбе).
«Скоморох» организовал и провел гастроли японского театра «Отомэ бунраку».

В сентябре 2008 главным режиссером «Скомороха» приглашен С. В. Столяров. Расширился репертуар театра, в него вошли: «Игрушки для неразумных детей или Щелкунчик» (на IX Областном театральном фестивале «Маска -2009» получен диплом: «Лучшая сценография»), «Как с луны свалились» (на III Открытом фестивале — конкурсе театров кукол «Золотой конек» — диплом: «Лучший спектакль малой формы»), «Герой» (на III Открытом фестивале — конкурсе театров кукол «Золотой конек» номинация «Мастер» — С.Столяров), «СновВидения».

Спектакли ставятся и другими известными режиссерами: О. Р. Пермяковым («Записки сумасшедшего»), А. Г. Анкудиновым («Муха-Цокотуха» на IV Региональном фестивале театров кукол Сибирского региона получил дипломы в номинациях «Лучшая режиссура» и «Лучшее сценическое оформление», на IX Областном театральном фестивале «Маска — 2009» диплом — «Лучший детский спектакль»), В. Л. Шрайманом («Жил такой медвежонок») (на V Межрегиональном фестивале театров кукол Сибирского региона «Золотой ключик» — дипломы «За дебют в роли Кристофера Робина» и «За попытку реконструкции легендарного спектакля»).

Театр активно занимался и проектной деятельностью. В 2008 года «Скоморох», при поддержке Администрации г. Томска, организовал и провел общегородской детский праздник, посвященный сразу трём событиям: Дню города, Году семьи и Дню России. Трем событиям соответствовали и три формы празднования. Были задуманы и воплощены в жизнь: фестиваль исполнительского творчества «Здравствуй, сказка!», детская площадка с парком аттракционов «Игровой десант» и детская программа отдыха и развлечений «Страна чудес». На празднике четыре театра кукол Сибирского региона показывали спектакли на открытых площадках, работали семь театральных мастерских и десять игровых зон.
В рамках проекта «Семейный театр» в «Скоморохе» был проведен фестиваль-конкурс домашних театров «Театральная семья». Финалисты приняли участие в проведение общегородских праздников «Здравствуй, сказка!» и «Страна чудес».

В этом же году театр выиграл гранд Мэрии г. Томска, позволивший осуществить проект «Театральный дворик» в номинации «Город, который мы создаем».

В 2008 г. «Скоморох» принял участие в I театральном фестивале для детей и подростков «Сибирский кот» (г. Кемерово), в IV Международном фестивале театров кукол «Петрушка Великий» (г. Екатеринбург), в IV Региональном фестивале театров кукол «PRO Братск», IX Областном театральном фестивале «Маска — 2009» (г. Томск)

В 2008 г. были организованы гастроли японского театра «Кёраку-дза».

В 2010 г. театр участвовал в III Открытом фестивале — конкурсе театров кукол «Золотой конек» (г. Тюмень), VI Международном эколого-этническом фестивале «Чир-Чайаан» (г. Абакан), Межрегиональном фестивале театров кукол Сибири (г. Железногорск).

Доброй традицией «Скомороха» стало проведение общегородских театральных капустников в начале театрального сезона. В свое время эту идею предложил Роман Виндерман. С 2004 г. капустники проводятся в день его рождения 17 октября, последние годы в нем принимают участие театры Сибири, капустник перерастает городские рамки и становится региональным.

Сегодня в репертуаре «Скомороха» 22 спектаклей для детей и 6 для взрослого зрителя. Перед каждым представлением ребят встречают актёры-скоморохи, разрабатываются новые игровые программы, викторины и конкурсы.

Театр участвует в международных, российских и региональных фестивалях, на которых его работы отмечаются в различных номинациях. Постоянно проводятся обменные гастроли с театрами городов Сибири в рамках товарищества Сибирского соглашения театров кукол. Расширяется фестивально-гастрольная деятельность театра.

«Скоморох» широко известен среди других театров кукол, как в России, так и за ее пределами.