Пётр Иванович Макушин был сыном причетника, начальное образование получил дома. В 14 лет был принят в Пермскую семинарию, по окончанию которой, в 1863 году поступил по конкурсу в Санкт-Петербургскую духовную академию.

В середине 1860-х Макушин вступил в алтайскую и уехал на Алтай, где занимался организацией «центрального миссионерского училища» для туземных мальчиков из новокрещённых, занимаясь их обучением. В 1867 году он организовал такую же школу для девочек и устраивал беседы и чтения с взрослыми.

В 1868 году Макушин переехал в Томск смотрителем духовного училища, но скоро оставил службу. В 1873 году он открыл первый в Сибири книжный магазин, под фирмой «Михайлова и Макушина». В конце XIX века эта фирма была самой крупной книготорговой фирмой во всей Сибири, имела отделения в Иркутске и некоторых других городах. В 1874 году Макушин основал газету, сначала имевшую узкосправочный характер («Томский справочный листок»), с 1881 по 1888 год Макушин издаёт «Сибирскую газету», «Сибирскую жизнь», затем «Томский листок» (1897-1905), сам был их редактором и издателем. В типографии Макушина отпечатано множество книг томских учёных, книг, относящихся к экономическому и культурному развитию Сибири.

По предложению Макушина и на его средства в Томске в 1915 году был построен «Дом науки», которым вскоре стал распоряжаться созданный Макушиным Народный университет. Этому вузу Макушин передал ещё несколько зданий, а также крупную денежную сумму. В 1919 году он приступил строительству в Томске «Дома искусств», внеся в банк значительные деньги. Планировал Макушин и основание Сибирского литературного фонда. Но Гражданская война и национализация его имущества помешала этим планам. Макушина дважды арестовывали, но не найдя никаких преступлений, выпускали. Макушин на новую власть обиды не держал и по прежнему принимал активное участие в организации книжной торговли в Сибири.

В Томске, по завещанию Макушина, ему был установлен памятник с постоянно горящей электрической лампочкой на верхушке рельса в сквере Дома науки, которому было присвоено его имя.

В 1999 г. Областная Администрация Томской области передало здание дома науки им. П. И. Макушина театру.