Образован в 1946 как областной театр кукол. Художественным руководителем стала режиссер драматического театра С.Л. Сапожникова, в труппу вошли артисты театра драмы, первые куклы создал ученик С.В. Образцова художник Виль. Первым спектаклем стала сказка-игра Н. Гернет «Гусенок», в постановке С.Л. Сапожниковой. Премьера состоялась 5 сентября 1946. В трудные послевоенные годы актеры показывали спектакли для малышей по всей Томской области.

            В 1950 – 1970‑х годах большой популярностью зрителей пользовались спектакли «Камень счастья» Е. Тараховской, «Колокола-лебеди» И. Карнауховой, Л.Браусевича, «Конек-Горбунок» В. Курдюмовой, «Волшебная лампа Алладина» Н. Гернет. Театр успешно участвовал в фестивале театров кукол в Москве (1968) и Всепольском фестивале профессиональных театров кукол (1969).

          Новая страница в истории театра началась с приезда в Томск режиссера Р.М. Виндермана, с группой талантливых актеров, и художника Л.О. Петровой. С их появлением возродилась труппа театра. С 1987 театр стал называться театром куклы и актера «Скоморох», в его репертуаре появились спектакли не только для детей, но и для взрослых, получившие неординарное сценическое решение, наполненные глубоким философским содержанием. Значительным явлением в жизни «Скомороха» стал спектакль «Было или не было» (по роману М. Булгакова «Мастер и Маргарита»), поставленный в 1987г. режиссером Р.М. Виндерманом и художником Л.О. Петровой.

В последующие годы «Скоморох» обращался к элитарной классической и одновременно разноплановой драматургии (произведения К. Гольдони, Р. Брэдбери, Ж. Ануя, А.С. Пушкина, М.А. Булгакова, А.П. Платонова, В. Шекспира, Ф.М. Достоевского). С 1987 началась активная гастрольная и фестивальная жизнь театра, «Скоморох» побывал на Международном фестивале театров кукол в Загребе (спектакль театра «Русская соль» (реж. Ю.Фридман) был назван лучшим спектаклем фестиваля), на многочисленных международных театральных фестивалях в Польше, Швейцарии, Германии, Франции, Словении, Венгрии, США и Японии. Были осуществлены совместные постановки с американским. театром «Open hand» («Юнона и Авось» А.Рыбникова и А.Вознесенского, «Сон в летнюю ночь» В. Шекспира) и немецким театром Am faden («Раскольников» по роману «Преступление и наказание» Ф.М. Достоевского), польским театром во Вроцлаве («Гиубал Вахазар» С. Виткевича). В 1999 г. французский режиссер Луи Ги Пакетт на сцене «Скомороха» поставил спектакль «Ромул Великий» Ф. Дюрренматта.

В 1996 г. по инициативе Р.М. Виндермана в Томске прошел 1 Международный фестиваль театров кукол «Безграничный театр», в котором принимали участие 8 зарубежных и 8 российских театров.

В 2001 г. совместно с институтом Гете был проведен Международный мастер-класс с немецким режиссером Т. Кюнелем и режиссерами и актерами театров Сибирского региона.

  В 2001 г. театр потерял своего главного режиссера, Заслуженного деятеля искусств России Романа Виндермана, чье имя стало легендой театрального мира. Дух, традиции созданного им театра сохраняет коллектив под руководством директора Л.Ю. Отмаховой. С 2001г. театр куклы и актера «Скоморох» носит имя Романа Виндермана. II Международный фестиваль театров кукол «Безграничный театр», прошедший в январе 2002 г., был посвящен памяти этого выдающегося режиссера и человека.

  В течение 1990 – 1997 г.г. «Скоморох» не имел постоянного помещения в Томске, но продолжал работать, выезжая в детские сады, школы и приюты. В 1998г. театру было предоставлено здание бывшего Дома науки им. П.И. Макушина. В 1999г. директором «Скомороха» стала Л.Ю. Отмахова. Она провела огромную работу по ремонту,  оснащению здания и  по приспособлению памятника архитектуры к нуждам театра. В фойе «Скомороха» создан музей театральной куклы, где представлены подлинники и искусно сделанные копии традиционных кукол разных стран мира (автор проекта – главный художник театра, Заслуженный работник культуры Л.О.Петрова).

      В 2001г. после смерти Р.М.Виндермана, художественным руководителем стала Заслуженный работник культуры Л.О.Петрова. В 2002 – 2003г.г. главным режиссером «Скомороха» был В.А.Вольховский, Народный артист РФ, Заслуженный деятель искусств РФ, лауреат Гос. премии РФ. Им поставлены спектакли «Дон Кихот», по роману М. де Сервантеса и мюзиклу Д. Вассермана «Человек из Ламанчи» (на II Региональном фестивале театров кукол Сибири (г. Новокузнецк 2002г.) - «Приз зрительских симпатий»; на I Открытом Международном фестивале «Соломенный жаворонок» (г.Челябинск 2006г.) - «Гран-при»; Заслуженная актриса РФ М.В.Дюсьметова за роль Альдонсы на областном конкурсе получила Диплом «Лучшая актриса года») и «Левша» Е. Замятина (II Открытый Международный фестиваль «Соломенный жаворонок» (г.Челябинск 2007г.) - «За целостность и сохранение работы мастера»; на Томском областном смотре-конкурсе молодых актеров Ю.Орлов за роль Левши получил «Главную мужскую роль»).

С 2003 по 2008 г. главным режиссером был С.И.Ягодкин. Он продолжил традицию– обращение к серьезной, классической литературе.

В 2004 г. театр выиграл гранд на создание музея – мастерской «Аниматроник» к 400-летию г. Томска. Силами театра создана постоянно действующая театрально – музейная экспозиция «Легенды о Томске». В дни празднования 400-летия города Томска театр являлся организатором праздничной площадки «Белозерская», Регионального фестиваля «Томск – город сказочный» и театральной мастерской «Город мастеров».

В 2007 г. осуществлен совместный проект «Скомороха» совместно с Управлением ГИБДД УВД по Томской области и городским общественным движением «Деловой союз» - «Светофор и его друзья». Спектакль вошел в репертуар театра и стал участником I-ого Межрегионального фестиваля социальных проектов для детей и подростков в городе Кемерово «Сибирский кот».

В 2008 г. в рамках проекта «Семейный театр» в «Скоморохе» был проведен фестиваль-конкурс домашних театров «Театральная семья». Финалисты приняли участие в проведение общегородских праздников «Здравствуй, сказка!» и «Страна чудес».

В 2008 г. выигран гранд Мэрии г.Томска, позволивший осуществить проект «Театральный дворик» в номинации «Город, который мы создаем». На территории, прилегающей к театру, высажены деревья, установлены скамейки, заасфальтированы дорожки.

В 2008 года «Скоморох», при поддержке Администрации г. Томска, организовал и провел общегородской детский праздник, посвященный сразу трём событиям: Дню города, Году семьи и Дню России. Трем событиям соответствовали и три формы празднования. Были задуманы и воплощены в жизнь: фестиваль исполнительского творчества «Здравствуй, сказка!», детская площадка с парком аттракционов «Игровой десант» и детская программа отдыха и развлечений «Страна чудес». На празднике четыре театра кукол Сибирского региона показывали спектакли на открытых площадках, работали семь театральных мастерских и десять игровых зон.

В сентябре 2008 главным режиссером «Скомороха» стал С.В.Столяров, один лучших режиссеров театров кукол России.

Сегодня в репертуаре «Скоморох» более 20 спектаклей для детей и взрослых.

В 2009г. готовятся к постановке «Ричард III» (У.Шекспир) и философский спектакль «Сновидения» (О.Проклов).

Театр участвует в международных, российских и региональных фестивалях, на которых его работы отмечаются в различных номинациях. Постоянно проводятся обменные гастроли с театрами городов Сибири в рамках товарищества Сибирского соглашения театров кукол. В 2007- «Скоморох» организовал и провел гастроли японского театра «Отомэ бунраку», а в2008 г. - «Кёраку-дза». Расширяется фестивально-гастрольная деятельность театра.

«Скоморох» широко известен среди других театров кукол, как в России, так и за ее пределами.